Ablasyon girişimsel bir işlemdir ve bu nedenle doğası gereği bir takım riskler içerir. Ancak genel olarak ablasyonda risk yüksek değildir ve ablasyonun tedavi edici üstünlüğü ve faydaları düşünüldüğünde risk kabul edilebilir oranlardadır. Girişim bölgesinde ağrı, kanama, morluklar ve damarlarda hasarlanma görülebilir. Nadir olarak kalp etrafında kanama ve kalpte hasarlanma izlenebilir. Yine nadiren (%1’den az) normal iletim kablosu ablasyondan hasar görebilir ve kalp hızı yavaşlayabilir, böyle durumlarda kalp pili takılması gerekebilir. Risk oranı ve şekli ablasyon işleminin tipine göre değişiklik gösterir.
Bu işlemler üst düzeyde uzmanlık tecrübesi gerektirir ve ancak deneyimli ellerde yapıldığında yüksek başarı ve kabul edilebilir risk oranları ile uygulanabilir.