EPS işleminden önce 8-12 saatlik açlık gereklidir. Bazı ritim düzenleyici ilaçların işlemden 24-48 saat öncesi kesilmesi gerekebilir. Yine kan sulandırıcı ilaç kullanan hastalarda bu ilaçların doz ayarlamaası gerekebilir. Bu durum işlem öncesinde doktor ve hasta arasında konuşulur.
EPS işlem 15-30 dakika sürer. Eğer devamında ablasyon ile devam edilecek ise işlem süresi yapılacak ablasyonun türüne göre değişiklik gösterir. EPS işlemi bitiminde kasıktaki kateterler çekilir ve sıkı bandaj ve ağırlık uygulanır. Hasta girişim yapılan bacağını 3-5 saat hareket ettirmeden yatakta dinlenir. Aynı gün veya ertesi gün taburcu edilir. Bir sorun yaşamayan hastalar bir iki gün içinde normal hayatlarına devam edebilirler.
EPS işlemi genel olarak düşük risklidir. Ancak girişimsel bir işlem olması nedeni ile doğasında bir takım riskler içerir. En sık görülen problem kateterin giriş yerlerindeki kasık bölgesinde deri altında kanama, şişlik ve morarmalardır (%1-2). Bu durum sıklıkla birkaç gün içinde düzelir.