Atriyal fibrilasyon ablasyonuna karar verilen hastada işlem öncesinde gerekli tetkiklerden geçtikten sonra hastaneye yatırılır. Kan sulandıcı ilaç kullanan hastalarda hastanın durumuna ve doktorun önerisine göre doz ayarlaması gerekebilir. Çoğu hastada işlem sabahı yemek borusundan endokopik eko ile (TEE) girilerek kalbin içinde pıhtı olmadığından emin olmak gerekir. Hasta EPS laboratuvarına alınır. Kasık bölgesine lokal anestezi yapılır, buradaki damarlardan ince elektrod kateterler röntgen altında (fluoroskopi) kalbe yerleştirilir. Atriyal fibrilasyona neden olan odaklar sol kulakçıkta olduğu için sağ kulakçıktan sola doğru bir geçiş yolu açılır ve kateterler sol kulakçığa yerleştirilir. Ablasyon işlemi Radyofrekans ile yakarak yapılacak ise 3-boyutlu haritalama kullanılır. Sol kulakcık ve pulmoner venlerin anatomisi sanal olarak oluşturulur. Sonra da RF kateteri ile damarların etrafı ve sorumlu odaklar nokta nokta yakılarak işlem tamamlanır. Ablasyon işlemi Kriyobalon ile dondurularak yapılıyorsa, balon pulmoner ven dediğimiz 4 damarın ağzında şişirilerek, herbiri tek tek 3-4 dk sürelerle birer veya ikişer kere dondulur. İşlem boyunca kalpte pıhtı olmaması için damardan heparin adlı kan sulandırıcı ilaç verilir. İşlem sırasında hastanın ağrı duymaması ve hareket etmemesi için anestezik ilaçlar ile sedasyon uygulanır. İşlem süresi seçilen yönteme ve işlemi yapan doktorun tecrübesine bağlı olarak değişir. Yakma işlemi genellikle 1-2 saat arasında sürerken, dondurma işleminin süresi 1 saat veya daha kısadır. İşlem bitiminde kateterler çıkarılır. Kan sulandıcı ilaçların etkisi geçince kasık bölgesindeki damarlardaki kılıflar çekilir ve tampon sarılarak 5-6 saat yatarak istirahati gerekir. Herhangi bir sorun ile karşılaşılmayan hastalar kotrolleri yapılarak ve tedavileri düzenlenerek ertesi sabah taburcu edilir.